Sono un innamoratissimo utilizzatore di Reaper. Negli ultimi anni per "dovere" di lavoro e compatibilità ho anche iniziato ad utilizzare Pro Tools su Mac. Posso dirti che i problemi da te elencati a volte arrivano per una strana commistione di bug.
Progetti che si aprono in maniera strana, plug che funzionano male, DAW che all'avvio non riconosce iLok o permessi…
Su Mac capita addirittura che col tempo gli stessi profili utente si "sporchino" accumulando bug che col passare del tempo rendono impossibile qualsiasi lavoro.
Prova a riparare i permessi disco; prova a riparare IL DISCO; disinstalla Reaper completamente e reinstalla l'ultimo aggiornamento; fa la prova di installazione anche su un altro profilo (per vedere se è un problema legato all'utente in uso). Controlla che Reaper vada a pescare correttamente il folder dei plus WAVES (e, parere personale, appena potrai farne a meno CANCELLALI!!!!
)