Se for oq to pensando é mesmo um defeito de plugin. Isso não é tão raro de acontecer. Aqui e ali um plugin não se da bem com o programa mas funciona nos outros, ou só funcionam bem numa determinada frequência (44.1khz, 96khz e ai vai). Existe um ligar específico aqui no fórum para tratar desses assuntos e melhorar o REAPER, mas você não deve ter tempo para fazer testes e tudo mais.
A melhor solução pode ser gravar a track separadamente enquanto o plugin está funcionando. dando o chamado "freeze" ou buscando o comando de "render selected area of tracks to stereo [...]" na -action list- [menu do topo: Actions -> Action List] tem um filtro nessa list que agiliza a busca.
Se essa não for a melhor opção é recomendado ter um segundo programa pra aplicar os efeitos via ReWire ou importando diretamente o arquivo final ja com os efeitos. mas pô, no mundo digital sempre tem um bom substituto pra tudo... tente identficar qual o plugin com problemas e substitua ele por um similar, ou até um melhor. Tente não se apegar aos FX, oq importa é terminar o projeto. Se um FX te dar problema apenas descarte-o e faça algo melhor com um outro.
boa sorte no som. to aqui pra qq coisa