Si, mi era venuto in mente ma non sono riuscito ad andare a verificare in tempo le impostazioni per darti qualche suggerimento utile; praticamente non so per quale motivo avevi REAPER settato per usare i MIDI item non "in project" quindi collegati a file esterni.
Poi cambiando un item da una parte tutti quelli che avevi copiato da esso condividevano lo stesso file esterno e quindi subivano la stessa modifica.
Non era facile da risolvere, meno male
- Mario