dunque, partiamo dalle cose più semplici
il segnale del clip (rettangolino rosso) una volta acceso resta acceso fino a quando non ci clicchi sopra, a quel punto si spegne e si riaccende solo quando il segnale supera nuovamente lo 0 db.
Poi, se hai qualche segnale che clippa, assicurati che sia solo perchè sbatte sullo 0 e non lo supera, perchè anche se di poco, per una frazione di secondo magari, si sente il clip e rovini tutto.
L'ideale sarebbe che non sbattesse neanche sullo 0, che il prodotto finale avesse punte massime vicine allo 0 ma non a 0 (-0.3 di solito è abbastanza uno standard).
Anche perchè se hai dei clip, e poi normalizzi, è facile che si sentano di più!
La normalizzazione va fatta solo in determinati casi, ovvero quando per esempio hai un volume generale molto basso e allora normalizzi in alto, o viceversa hai tutto troppo alto e per comodità normalizzi in basso.
Attento però che la normalizzazione non fa pieghe, se hai rumore di fondo e normalizzi per alzare il volume generale, quel rumore di fondo suonerà più forte!
Se il render in uscita da reaper è clippato, sarà clippato anche il file normalizzato (credo che tu ci abbassi il volume giusto? a quanto normalizzi? -3?) solo che il suo volume generale sarà più basso. (da qui forse i "salti" che senti, probabilmente sono i clip).
Quindi, il mio consiglio è: cura meglio il mix prima di renderizzare, controlla che non ci siano punti di clip e se ci sono controllali e aggiustali, magari con delle automazioni..se clippa di 0.1 db, puoi tranquillamente fare un'automazione per abbassare di 0.2, ti eviti il clip ma allo stesso tempo questo non influisce sul volume della traccia, dato che 0.2 db è una cosa irrisoria per l'orecchio umano, ma può essere gigantesca per il pc se sopra lo 0...
Infine, per rispondere alla tua prima domanda:
io cambierei solo il bitrate dell'mp3, 128 è veramente misero...fai 320 costant bitrate