Oui, tu peux ouvrir deux instances de reaper avec des configurations différentes en même temps. Ça s'appelle une "installation portable".
Crée un dossier pour ta nouvelle session, copie REAPER.app/exe à l'intérieur et crée un fichier vide appellé "reaper.ini".
Tu pourras alors lancer et configurer cette copie séparément de celle installée globalement sur ton ordinateur.
EDIT: Si tu es sous Windows, je crois qu'il y a une option dans l'installeur pour faire ça automatiquement