Parece que no es un asunto muy interesante para nadie.
Publico la solución que yo encontré de casualidad.
Me fije que en la configuración de importación de videos había una opción para el uso de los decodificadores aportados por VLC.
Como yo no tenía instalado VLC, Reaper no podía aprovechar los decodificadores incluidos en VLC.
Eso, en mi caso implicaba que los archivos .mp4 con audio AAC no eran reconocidos y no se podían importar. Tampoco los archivos.mkv.
Después de la instalación del reproductor VLC, Reaper detectó inmediatamente los recursos y ahora puedo importar directamente los archivos de video.
Paralelamente también pude importar las pistas DTS incorporadas en los videos en contenedores Matroska.